Pengelolaan sekolah, khususnya di SMP Muhammadiyah 1 Kalasan, Kecamatan Kalasan sudah melaksanakan dengan sistem Manajemen Berbasis Sekolah (MBS). Dengan sistem ini sekolah berjalan dengan baik, mandiri, terbuka, dan bertanggung jawab, serta dengan kerja sama yang baik , termasuk dengan Komite sekolah.